Mae mwy na 300 o bobol wedi marw erbyn hyn, gyda nifer yr achosion sydd wedi’u cadarnhau y tu hwnt i 14,000.
Cafodd y dyn, oedd yn byw yn ninas Wuhan, ei gludo i’r ysbyty ym Manila yn dioddef o dymheredd uchel, peswch a llwnc dost.
Roedd e’n dioddef o niwmonia yn y pen draw ac er iddo ddangos arwyddion ei fod e’n gwella, bu farw ddyddiau’n ddiweddarach.
Mae dynes 38 oed oedd yn yr ysbyty gyda fe wedi cael prawf positif ar gyfer y firws ac mae hi’n dal yn yr ysbyty.
Cyngor a chanllawiau
Mae gwaharddiad dros dro yn ei le ar deithwyr o Tsieina i’r Ffilipinas, ac eithrio i frodorion y wlad.
Mae Sefydliad Iechyd y Byd wedi bod yn galw ar lywodraethau i baratoi i reoli’r firws pe bai’n lledu i wledydd eraill.
Ond mae Tsieina yn beirniadu gorchymyn gan Washington yn atal unrhyw un sydd wedi ymweld â Tsieina yn ystod y pythefnos diwethaf rhag mynd i mewn i’r wlad.
Mae mesurau tebyg yn eu lle yn Awstralia, Japan a Singapôr.
Yn y cyfamser, mae De Corea, Indonesia ac India wedi symud eu trigolion allan o ddinas Wuhan.
Mae pryderon yn arbennig am wledydd sy’n rhy dlawd i ymateb i’r firws.
