Dyma drydedd buddugoliaeth Wrecsam o’r bron yn y gynghrair.
Daeth gôl gyntaf Thomas ar ôl 26 munud ar ôl cyfuno â Paul Rutherford, ac fe ddaeth yn agos at ail gôl pan darodd ei foli y postyn.
Dyblodd Wrecsam eu mantais dair munud cyn yr egwyl, pan rwydodd Jay Harris yn dilyn cic rydd wnaeth adlamu drwy sawl chwaraewr cyn cyrraedd y gôl.
Daeth cyfle i Sutton leihau’r gwahaniaeth ar ôl 63 munud, pan wnaeth Robert Lainton arbed ergyd gan Omar Bugiel.
Ond sgoriodd Wrecsam ddwy gôl o fewn pum munud i selio’r fuddugoliaeth, gyda’r eilydd Adi Yussuf yn sgorio ar ôl 72 munud, cyn i Thomas sgorio’i ail gôl oddi ar bêl hir tuag ato.