Pleidleisiodd dau Geidwadwr, Syr Roger Gale ac Andrew Percy, yn erbyn y ddeddfwriaeth, tra bod 30 wedi atal eu pleidlais.
Cafodd y llywodraeth gefnogaeth saith aelod o’r DUP.
Gwrthwynebiad
Dywedodd rhai Ceidwadwyr nad oedden nhw’n gallu cefnogi’r ddeddfwriaeth fel ag y mae hi gan ei bod yn mynd yn groes i gyfreithiau rhyngwladol.
Bydd aelodau seneddol yn dechrau craffu arni heddiw (dydd Mawrth, Medi 15), a’r disgwyl yw y bydd pleidlais ar welliannau o ran Gogledd Iwerddon yr wythnos nesaf.
Ymhlith y rhai oedd wedi mynegi pryderon am y ddeddfwriaeth cyn neithiwr roedd y cyn-brif weinidog David Cameron, y cyn-Ganghellor Sajid Javid a’r cyn-Dwrnai Cyffredinol Geoffrey Cox.
Mae rhai cyn-weinidogion Ceidwadol eisoes yn dweud na fyddan nhw’n cefnogi’r ddeddfwriaeth fel ag y mae hi pan fydd ail ddarlleniad.
Mae Syr Bob Neill, cadeirydd y Pwyllgor Cyfiawnder, wedi galw ar aelodau seneddol i “fanteisio ar y cyfle” i newid y ddeddfwriaeth drwy gefnogi ei welliant yn galw am bleidlais seneddol cyn bod modd i weinidogion weithredu’r ddeddf.
Cyfiawnhad
Mae’r prif weinidog Boris Johnson wedi cyfiawnhau’r ddeddfwriaeth drwy ddweud bod ei hangen er mwyn atal yr Undeb Ewropeaidd rhag dehongli darpariaethau y Bil Ymadael mewn modd “eithafol ac afresymol” o safbwynt Gogledd Iwerddon.
Mae’n dweud bod rhai ym Mrwsel bellach yn bygwth atal allforion bwydydd amaethyddol y Deyrnas Unedig i’r Undeb Ewropeaidd a mynnu ar dariff ar yr holl nwyddau sy’n mynd i Ogledd Iwerddon o weddill gwledydd Prydain.
Agorodd Boris Johnson y ddadl ei hun, oedd yn anarferol ynddi’i hun, ac fe ddywedodd fod angen cymryd camau i atal yr Undeb Ewropeaidd rhag manteisio ar sefyllfa Gogledd Iwerddon yn y trafodaethau ar gytundebau masnach ôl-Brexit.