Mae’r heddlu wedi cadarnhau mai corff Waseem Mohamed Muflahi, 15, gafodd ei ddarganfod yn Y Bermo ddydd Sadwrn.
Mae’r crwner wedi cael gwybod.
Roedden nhw eisoes wedi dod o hyd i gorff ei ffrind 14 oed, Yahye Mohamed Omar ddydd Sadwrn.
Daeth yr heddlu o hyd i gyrff y ddau yn ardal Llanaber.
Aeth y ddau ar goll ar Awst 7.
Dywedodd llefarydd ar ran Heddlu’r Gogledd fod eu meddyliau gyda theulu’r ddau fachgen.
Dydy’r marwolaethau ddim yn cael eu trin fel marwolaethau amheus.