Mae Rob Howley wedi cael ei afon gartref o Gwpan y Byd yn Japan oherwydd honiadau ei fod wedi torri rheolau mudiad Byd Rygbi am fetio.
Mae cyn-gapten Cymru wedi gweithio fel hyfforddwr gyda Warren Gatland ers Ionawr 2008.
Stephen Jones fydd nawr yn cymryd ei le ar y daith.
Roedd Rob Howley wedi cyhoeddi ei fwriad i adael ei swydd ar ôl Cwpan y Byd eleni, ond gallai ei yrfa fod ar chwal yn dilyn y cyhuddiadau yn ei erbyn.
Daw hun chwe diwrnod cyn gêm agoriadol Cymru yng Nghwpan y Byd yn erbyn Georgia.