Bydd yn rhaid i Aelodau’r Cynulliad ddangos derbyniadau ar gyfer yr holl gostau y byddan nhw’n eu hawlio o heddiw ymlaen.
Fe fyddan nhw hefyd yn colli’r hawl i brynu celfi i’w hail gartrefi ar gost y trethdalwyr.
Mae’r rheolau newydd ymysg argymhellion Adolygiad Syr Roger Jones i gostau, a gyhoeddwyd ar ôl ymchwiliad a barhaodd am 10 mis ac a gafodd ei dderbyn yn llawn ym mis Gorffennaf.
Bydd y cwbl o’r 108 o argymhellion yn dod i rym ar ôl yr etholiad nesaf yn 2011.
Mae’r 28 cyntaf ohonyn nhw’n dod i rym heddiw, gan ddileu lwfans ‘cynhaliaeth’ o £30.65 sydd wedi bod ar gael yn ddigwestiwn i Aelodau Cynulliad pan fyddan nhw i ffwrdd o’u prif gartref ar fusnes.
Bydd yn rhaid hefyd ddarparu “tystiolaeth ddogfennol” am bob cais am gostau, ynghyd ag esboniad amdanyn nhw.
‘Ymrwymiad’
Dywed Llywydd y Cynulliad, Dafydd Elis-Thomas bod ar Gomisiwn y Cynulliad eisiau “dangos ymrwymiad i drylowder” i’r cyhoedd yng Nghymru.
“Cafodd ymrwymiad ei wneud ymhell cyn i’r storm dros gostau Aelodau Seneddol daro San Steffan,” meddai.
“Mae argymhellion y panel yn cynnig cyfle unigryw i gryfhau’r cytundeb rhwng y Cynulliad Cenedlaethol a phobl Cymru yn ei swyddogaeth o ddeddfu a chraffu ar lywodraeth.
“Rydym wedi gallu rhoi arweiniad ar y mater hwn, felly’n ymbellhau ein hunain oddi wrth yr helynt yn San Steffan, diolch i raddau helaeth i’r ymateb cyflym a chefnogol a roddodd Aelodau’r Cynulliad i’m datganiad iddyn nhw ym mis Gorffennaf.”